11. A 2008. január 1-jétől hatályos új Áfa-törvény egyes szabályai folyamatos gondot illetve többletadminisztrációt jelentenek a Testületnek. E mellett a bíróságok általi díjfizetési rend módosulása miatt az amúgy is alacsony összegű szakértői díjak átfutási ideje is rendkívüli mértékben kitolódott. Sok esetben hosszú hónapokat, vagy akár éveket is kell várni egy bírósági kirendelés alapján elkészített szakértői vélemény ellenértékének az átutalására. Külön gond, hogy úgy látszik, a bíróságok és a bírósági gazdasági hivatalok között nincs megfelelő információáramlás. Sok esetben a Testületnek kell "közvetíteni" a bírósági intézmények között, pótolni a többszörösen elveszett, elkallódott számlákat, díjjegyzékeket, végzéseket stb. Továbbra is szembesülünk a bíróságok olyan - a hatályos jogszabályok szempontjából kétes megalapozottságú - kéréseivel, hogy a Testület járjon el a felek (alperes, felperes) irányában a kintlévőségként kezelt szakértői díjak behajtása érdekében, továbbá, hogy a szakértői díj ellenértékéről szóló számlát ne a bíróságnak, hanem (az összeget megosztva) a feleknek címezze a Testület.
12. A jogértelmezési kérdések tisztázása érdekében az MSZH 2008 októberében állásfoglalást kért a PM-től. Az MSZH utalt az Áfa-törvény új, 57. §-ának (2) bekezdésére, amely szerint "[b]írósági vagy más hatósági eljárás keretében bíróságnak vagy más hatóságnak nyújtott szolgáltatás esetében, ha az ennek fejében járó ellenértéket a bíróság vagy más hatóság határozattal (végzéssel) állapítja meg, teljesítés az ellenértéket megállapító jogerős határozatnak (végzésnek) a szolgáltatás nyújtójával történő közlése." E rendelkezés ürügyén a bíróságok csak akkor fogadják be a szakértői vélemény ellenértékeként megküldött MSZH-számlákat, miután értesítést küldtek a szakértői díjra vonatkozó végzés jogerőre emelkedéséről. Mindez az amúgy is alacsony összegű szakértői díjkifizetések további elhúzódásával jár. A PM - kikérve az IRM véleményét is - 2009 februárjában kelt levelében azt közölte, hogy a közhatalmi jelleg csak a közvetlen közhatalmi jogosítványgyakorlás esetén állapítható meg, viszont a szakértői tevékenység önmagában nem tekinthető közhatalmi tevékenységnek. A másik kérdésre a PM úgy foglalt állást, hogy ".az Áfa-törvény hivatkozott rendelkezése mindenféle aggály nélkül alkalmazható, a jelzett problémára pedig megoldást adhat, ha a Testület a bíróságok felé a díjigényét egy, a szakértői díjjegyzékhez hasonló jegyzékben nyújtja be a bíróságnak, és a számlát már a jogerős döntésnek megfelelően állítja ki."
13. A helyzet megoldatlanságára tekintettel, a Testület elnöke 2009. május 25.-én kelt levélben Dr. Fazekas Sándor úrhoz, az Országos Igazságszolgáltatási Tanács (OIT) akkori ügyvezető alelnökéhez fordult, intézkedését kérve a tekintetben, hogy a megyei bíróságok a Testületnek járó szakértői díjak kifizetésével kapcsolatban visszatérjenek a korábbi jogkövető gyakorlatukhoz.
14. Mivel a levélre a Testület elnöke fél év elteltével sem kapott választ, kérését és indokait megismételve, 2009. december 10-én újabb levelet írt e tárgyban, ezúttal már Dr. Baka Andrásnak, az OIT új elnökének címezve azt. Az OIT elnöke 2010. január 21-én kelt válaszában a következőkről tájékoztatta a Testület elnökét:
"Az államháztartás működési rendjéről szóló 292/2009. (XII. 19.) Korm. rendelet 179. § (1) bekezdése alapján a letéti pénzkezelés az államháztartás alrendszerei költségvetése végrehajtására szolgáló pénzeszközöktől elkülönített, megbízásból történő átmeneti pénzkezelése.
Az adózás rendjéről szóló 2003. évi XCII. törvény 178. §-ának 18. pontja alapján letétből történő kifizetés esetén a hatóságok, nyomozó hatóságok, bíróságok, ügyvédek, közjegyzők és bírósági végrehajtók nem minősülnek kifizetőnek.
A Legfelsőbb Bíróság Kollégiumának 2003. május 5. napján kelt véleménye szerint: "A kifizetést megelőzően a számla kibocsátása a szakértő és a pártfogó ügyvéd (kirendelt ügygondnok) részéről is kötelező, ha a 33/2002. (XII. 23.) IM rendelet rendelkezései alkalmazhatók. Ezt a kötelezettséget az alanyi adómentesség sem érinti. A számla címzettje az állam által előlegezett díjak esetében a megyei bíróság, ha pedig a fél által letétbe helyezett összegből történik a kiutalás, akkor nem a megyei bíróság, hanem a fél." (Bírósági Határozatok 2003. évi 8. szám).
A számla elkészítését, valamint annak kifizetését az igazságügyi szakértők díjazásáról szóló 3/1986. (II. 21.) IM rendelet 9. § (6) bekezdése és az igazságügyi szakértői tevékenységről szóló 2005. évi XLVII. törvény 17. § (4) bekezdése rendezi. Ezek alapján a bíróság a jogerős határozatot vagy utalványt - kifizetés céljából - a díjjegyzék egy példányával együtt 8 napon belül megküldi az illetékes bírósági gazdasági hivatalnak (BGH). A BGH 3 munkanapon belül hívja fel a szakértőt a számla benyújtására. A megállapított szakértői díjat a számla benyújtásától számított 8 munkanapon utalja ki a BGH.
A számla kiállításához szükséges, a letevő személyét érintő adatokról a szakértő a szakvélemény elkészítése során a periratokból, valamint a végzésből is közvetlenül értesülhet.
A fent összefoglalt eljárásrend a bíróságok munkáját sem könnyíti meg, de a hatályos jogszabályok alkalmazásától természetesen nem tekinthetünk el."
15. Az említett problémákra a PM-től és OIT-től kapott válaszok nem jelentenek megoldást. A szakértői díjak kifizetésével kapcsolatos gondokat - amelyekről, a fentiekre figyelemmel, sem a Testület sem az MSZH nem tehet - egyre gyakrabban vetik fel az eljáró tanácsok tagjai. Felmerül annak a veszélye is, hogy - miután a szakértők, a tevékenységüktől független okokból, nem számíthatnak a nekik járó díjuk reális időn belüli kifizetésére - még nehezebbé válik megfelelő tanácsok kijelölése.